این مقاله در پی شناسایی مشکلات مراکز فکری برای مشارکت در سیاستگذاری امنیت ملی ج.ا.ا با روش تحقیق موردی زمینهای و رویکرد آمیخته است. در مرحله اول با دوازده نفر از خبرگان مراکز فکری و سیاستگذاری امنیت ملی به روش هدفمند کیفی در دسترس تا رسیدن مقولهها به اشباع نظری مصاحبه انجام شد؛ تحلیل مصاحبه با خبرگان از طریق کدگذاری باز و محوری انجام شد. یافته های مقاله شامل سه مقوله اصلی شناختی، ساختاری و کارکردی و 34 مقوله فرعی شامل 12 مورد مشکل شناختی، 14 مورد مشکل ساختاری و 8 مورد مشکل کارکردی است؛ در مرحله دوم به منظور اولویت بندی رتبهای مشکلات احصاء شده، پرسشنامهای با 34 گویه بر مبنای طیف لیکرت تدوین و پس از اطمینان از روایی محتوا و پایایی آن در معرض قضاوت 60 نفر از کارشناسان سیاستگذاری و تحلیلگران مراکز فکری به عنوان جامعه نمونه قرار گرفت. یافتههای پژوهش بیانگر آن است؛ که از بین مشکلات شناختی، ساختاری و کارکردی احصاء شده؛ «درک نامناسب مراکر فکری از ملاحضات عینی و عملی سیاستگذاری امنیت ملی»، «ساختار اداری، خطی و سلسله مراتبی در مراکز فکری راهبردی» و «عدم تبحر کافی مراکز فکری راهبردی در شناخت مسائل امنیت ملی» به ترتیب در بالاترین ارزش میانگین رتبهای قرار دارند.